L'Association Africaine du Commerce des Semences a émergé de la nécessité d'avoir une entité régionale représentant l'industrie semencière et qui peut aussi être utilisée pour promouvoir le développement des sociétés semencières privées.

Les parties prenantes africaines et internationales de l'industrie semencière ont commencé la discussion vers le début des années 1997. Ceci a abouti à une réunion préparatoire tenue à Lilongwe en avril 1999 où un groupe de travail ad hoc a été mis nommé. Le groupe a élaboré un projet de Constitution et de règlement intérieur ainsi qu'un budget qui ont été finalisés lors d'une réunion au Kenya en août 1999. L'AFSTA a été officiellement établie le 20 et 21 mars 2000 au cours du congrès inaugural en Afrique du Sud. Le Kenya a été élu comme pays d'accueil pour le Secrétariat.